我校是全國首批具有碩士學位授予權單位之一。1978年開始招收攻讀碩士學位研究生，1998年被增列為博士學位授予權單位，1994年開始招收港澳臺研究生，1998年被批準為開展同等學力申請碩士學位工作試點單位，2000年被批準為開展臨床醫(yī)學（中醫(yī)、中西醫(yī)結合)碩士專業(yè)學位工作試點單位，2003年被批準為高校教師在職申請碩士學位培養(yǎng)單位，同年獲準設立中醫(yī)學博士后流動站。我校擁有中醫(yī)內(nèi)科學、中醫(yī)臨床基礎、中藥學、中西醫(yī)結合臨床等4個博士學位點和中醫(yī)基礎理論、中醫(yī)臨床基礎、中醫(yī)診斷學、中醫(yī)方劑學、中醫(yī)醫(yī)史文獻學、中醫(yī)內(nèi)科學、中醫(yī)婦科學、中醫(yī)兒科學、中醫(yī)五官科學、中醫(yī)骨傷科學、針灸推拿學、中醫(yī)外科學、中西醫(yī)結合基礎、中西醫(yī)結合臨床、內(nèi)科學、中藥學、藥理學、生藥學等18個碩士學位點。我校共有博士研究生指導教師21名，碩士研究生指導教師150名；我校目前在校全日制研究生培養(yǎng)規(guī)模已達346人（不含七年制)，其中博士生43人、碩士生303人。另有以同等學力申請碩士學位課程進修班學員311人。我校已培養(yǎng)畢業(yè)博士研究生8人，畢業(yè)碩士研究生317人。
我校經(jīng)過遷址重建后，辦學條件躍居全國中醫(yī)藥院校的前列。現(xiàn)有分子醫(yī)學研究所、針灸推拿研究所、耳聾康復研究所、浙江省中醫(yī)骨傷研究所、中醫(yī)臨床基礎研究所、中醫(yī)心腦血管病研究所、針灸推拿研究所等7個研究所，1個中心測試室，1個動物實驗研究中心，免疫實驗室、脂代謝實驗室、血液細胞分子生物學實驗室為國家中醫(yī)藥管理局中醫(yī)藥科研三級實驗室，中藥新產(chǎn)品制劑、中醫(yī)心腦血管病、中醫(yī)血液病、中醫(yī)脾胃病、實驗針灸學等5個省中醫(yī)藥重點實驗室，動物實驗研究中心為浙江省動物實驗研究基地。目前具有中醫(yī)臨床基礎和中醫(yī)內(nèi)科消化學科兩個國家中醫(yī)藥管理局重點建設學科，中醫(yī)臨床基礎和中藥學為浙江省重點學科，中西醫(yī)結合臨床、針灸推拿學、中醫(yī)骨傷學、中西醫(yī)結合基礎、中醫(yī)診斷學為浙江省重點扶植學科，另有省醫(yī)學和中醫(yī)藥重點學科14個。
我校作為教學研究型大學，積極發(fā)展研究生教育，研究生招生的規(guī)模逐年擴大。在研究生教育中，構建兩個體系：一是高質(zhì)量、高水平、有特色的研究生教育培養(yǎng)體系；二是招生、培養(yǎng)、就業(yè)指導的研究生管理體系。實行研究生教育培養(yǎng)兩級管理體制。建立直攻制，積極探索本碩連讀和碩博連讀的培養(yǎng)方式。擴大在職人員同等學力申請碩士學位和研究生課程進修班的范圍和規(guī)模，積極開展臨床醫(yī)學碩士專業(yè)學位的培養(yǎng)工作，使研究生培養(yǎng)的規(guī)格和類型多樣化。重視研究生的課程建設和教學改革，尤其突出創(chuàng)新思維、創(chuàng)新能力的培養(yǎng)與教育。強化過程管理，嚴把質(zhì)量關，開展綜合測評、論文預答辯、論文隱名送審等工作。加強研究生的思想政治工作和日常管理工作，積極開展研究生的學術活動和社團活動，積極開展研究生的助教、助管、助研工作，促進研究生全面健康發(fā)展。
研究生質(zhì)量不斷提高，畢業(yè)研究生大多成為所在單位科研、教學或臨床骨干，有的被評為博士生導師、省級名中醫(yī)，有的擔任全國新世紀教材主編、副主編等，有的研究生在讀期間就獲得了國家發(fā)明專利。1999年，我校研究生處被教育部、國務院學位委員會授予"全國學位與研究生教育管理工作先進集體"榮譽稱號。在2002年浙江省學位辦組織的學位論文質(zhì)量抽查中，我校獲得了總體優(yōu)良的好成績。
浙江中醫(yī)學院的研究生教育經(jīng)過奠定基礎、穩(wěn)定發(fā)展、逐步完善等階段，目前已經(jīng)形成具有一定規(guī)模、學科門類比較齊備、學位類型多元化的中醫(yī)、中藥、中西醫(yī)結合研究生教育體系。
