1978年 全國恢復研究生教育工作，我校為第一批招收碩士研究生單位。
1978年 恢復了夜大招生。形成了在校教育、畢業(yè)后教育，繼續(xù)教育的完整三個階段體系。
1979年3月10日 省政府任命王季午為浙江醫(yī)科大學校長。
1980年國務(wù)院頒布《中華人民共和國學位條例》。1981年 我校被批準為首批博士和碩士學位授予單位。
1981年8月l4日省委任命戴迪、金干為副校長。
1982年11月23日 省委又任命戴迪、劉秀華為副書記。
從1978年到1982年的六年中，學校處于"文革"后的恢復重建時期，各系修訂教學大綱，編寫教學實驗和實習指導書，開展教學內(nèi)容和方法的改革，以培養(yǎng)學生分析問題和解決問題的能力。并組織有經(jīng)驗的教師、醫(yī)師上教學、醫(yī)療工作的第一線。由于采取上述一系列措施，教學、醫(yī)療質(zhì)量不斷提高，在衛(wèi)生部組織的全國部分醫(yī)學院校醫(yī)學系畢業(yè)生的統(tǒng)考中，l982年與1983年均獲第二名，1984年獲第一名。
1983年 開始為石油部代培臨床醫(yī)學系五年制學生。學生來源為全國各大油田所在地區(qū)的應(yīng)屆高中畢業(yè)生，經(jīng)全國高校統(tǒng)一招生考試。是年秋，首批石油部新生60名入學。
1984年1月 浙江省省委任命金干為校黨委書記，鄭樹、劉秀華為副書記；任命鄭樹為校長，金干、丁德云、姚竹秀、沈成芳為副校長，王季午教授為名譽校長。接著，對系、部，處室和附屬醫(yī)院的黨政領(lǐng)導班子進行了調(diào)整充實。
1984年 創(chuàng)建臨床醫(yī)學工程系，學制三年。秋，30名新生入學。1986年 學制改為五年 招生數(shù)同前。
1986年 恢復公共衛(wèi)生系，學制五年。是年秋，30名新生入學。
1986年 調(diào)整和新建12個研究所，即：基礎(chǔ)醫(yī)學研究所、傳染病研究所、腫瘤研究所、心腦血管病研究所、環(huán)境與健康研究所、老年醫(yī)學研究所、血液病研究所、計劃生育研究所、臨床藥理研究所、藥物研究所、人口研究所和醫(yī)學教育研究所。
1985年8月 醫(yī)學營養(yǎng)系招生，學制5年。
1986年10月 召開了學校第五屆黨代會。出席代表260名。選舉金干為黨委書記，鄭樹、劉秀華、陳昭典為黨委副書記。
1987年10月 19層三號教學大樓正式開工。1991年8月，高72米建筑面積21000平方米，耗資2300萬元的19層三號教學大樓竣工投入使用。
1987年12月8日 中國醫(yī)學科學院與學校決定以我校12個研究所為實體，建立中國醫(yī)學科學院浙江分院。鄭樹任分院院長，丁德云任分院副院長。
1987年冬，籌建護理系，在護校畢業(yè)并具有三年以上臨床實踐的優(yōu)秀護士中招生，學制三年。次年秋，30名新生入學。
1988年 國家教委決定在全國15所醫(yī)學院校中試辦七年制高等醫(yī)學教育，我校也在其中之列。1988年秋，首屆七年制臨床醫(yī)學專業(yè)22名新生入學。七年制學生，頭二年委托浙江大學培養(yǎng)，使其受到足夠的理科基礎(chǔ)、現(xiàn)代實驗技術(shù)和外語等的訓練，第三年回校本部繼續(xù)醫(yī)學課程和臨床學科的學習。
1989年 香港著名實業(yè)家邵逸夫爵土捐資7000萬港元，后又捐贈400萬美元購置醫(yī)療設(shè)備，在杭州籌建綜合醫(yī)院作為學校附屬醫(yī)院。命名為"邵逸夫醫(yī)院"。1994年5月，竣工開診。該醫(yī)院建成后，最初五年由美國羅馬琳達(Loma Linda)大學醫(yī)學院、醫(yī)學中心協(xié)助管理，1999年移交中方管理。
1991年3月 成立浙江醫(yī)科大學兒科研究所
1991年3月 中共浙江省委任命呂世亭為黨委書記，副校長。
1992年1月 在原校中心實驗室改建的基礎(chǔ)上，建立醫(yī)學分子生物學實驗室。面向全省開放，為省級重點實驗室。
1992年６月 學校第六屆黨代會選舉并經(jīng)中共浙江省委批準任命呂世亭為黨委書記，鄭樹、劉秀華、水泉祥為副書記；任命鄭樹為校長，呂世亭，丁德云、陳昭典、章鎖江、高法根為副校長。
1993年5月 經(jīng)浙江省教委批準，成立浙江醫(yī)科大學成人教育學院。設(shè)有成人學歷教育、畢業(yè)后教育、繼續(xù)教育、崗位培訓等。
1993年10月 成立第一臨床醫(yī)學院（醫(yī)學一系、護理系、兒科學)、第二臨床醫(yī)學院（醫(yī)學二系、營養(yǎng)系、婦產(chǎn)科系)和基礎(chǔ)醫(yī)學院。
1994年 開始招收臨床醫(yī)學系兒科專業(yè)
1994年12月 成立婦產(chǎn)科學、兒科學和生物醫(yī)學工程學研究所。
1994年10月 決定成立浙江醫(yī)科大學公共衛(wèi)生學院。下設(shè)預防醫(yī)學系、婦幼衛(wèi)生系、衛(wèi)生管理系、衛(wèi)生檢測中心。
1996年 教育部批準浙江醫(yī)科大學成立“國家理科人才基地”。
1996年８月 正式成立兒科系
1996年10月23日 中共浙江省委任命黃書孟為浙江醫(yī)科大學黨委書記，李蘭娟、李魯、為副書記。
1996年10月29日 浙江省人民政府任命陳昭典為浙江醫(yī)科大學校長。黃書孟、水泉祥、章鎖江、來茂德、余海為副校長，后又增補王珉元為副校長。
1996年11月國家教育委員會成為“基礎(chǔ)醫(yī)學國家理科人才培養(yǎng)基地”，于1998年開始招生基礎(chǔ)醫(yī)學專業(yè)的第一屆學生。
1997年 開始籌建基礎(chǔ)醫(yī)學專業(yè)。
1997年5月 通過省政府重點學科建設(shè)項目的可行性論證，確定傳染病學、腫瘤學、醫(yī)學分子生物學、勞動衛(wèi)生與職業(yè)病學、生物醫(yī)學工程、外科學、藥理學為七個重點學科。省人民政府決定，從1997年起五年內(nèi)投入6000萬元人民幣（學校自籌6000萬元，共計1.2億元)，用于浙江醫(yī)科大學的重點學科項目建設(shè)。
1997年12月 撤消原藥學系建制，成立浙江醫(yī)科大學藥學院。下設(shè)藥學系、藥劑系、成教部。
1998年 組建基礎(chǔ)醫(yī)學醫(yī)學專業(yè)并開始招生。
1998年 國家教委批準病毒性傳染病重點實驗室設(shè)立博士后流動站
五、浙江大學醫(yī)學院
1998年9月15日 根據(jù)國務(wù)院指示，浙江大學、杭州大學、浙江農(nóng)業(yè)大學、浙江醫(yī)科大學合并組建成立新浙江大學。
1999年7月 組建成立醫(yī)學院。聘請中國科學院院士、中國人民解放軍第二軍醫(yī)大學陳宜張教授為醫(yī)學院院長；任命李魯為常務(wù)副院長；余海、鄭樹森、方理本、方平楚、姚耿東、張?zhí)K展為副院長。同時任命李魯兼醫(yī)學院黨委書記、徐亮、趙金秀為副書記。
1999年8月18日 附屬口腔醫(yī)院暨浙江省口腔醫(yī)院成立。
1999年9月 學院在附屬一院組建成立浙江省器官移植重點研究實驗室。
2000年９月起，臨床醫(yī)學停招五年制全部改招七年制（醫(yī)學碩士)學生，共計365名。
2001年 病毒性傳染病研究室被衛(wèi)生部列為重點實驗室。
2001年3月 衛(wèi)生部多器官聯(lián)合移植研究重點實驗室在附屬一院成立。
2001年11月 學校對醫(yī)學院黨政領(lǐng)導班子作了調(diào)整：姒健敏任常務(wù)副院長，李魯（兼)、黃荷鳳、陳智、何超（兼)任副院長。
2001年12月 鄭樹森當選為中國工程院院士。
2002年1月 增補羅建紅為醫(yī)學院副院長。
2002年6月18日學校黨委決定：陳智任中共浙江大學醫(yī)學院委員會委員、書記。
2002年8月 衛(wèi)生部批準把病毒性傳染病重點實驗室更名為衛(wèi)生部傳染病重點實驗室。
2003年4月 《全科醫(yī)學臨床與教育》雜志創(chuàng)刊。
2003年11月11日 學校決定陳宜張教授不再擔任醫(yī)學院院長職務(wù)，同時任命巴德年教授為醫(yī)學院院長。
